Le problème venait de la détection automatique du matériel d'affichage par Ubuntu au démarrage. Suite à une erreur dont la cause m'est inconnue, mon écran plat était reconnu comme de résolution 1024x768, au lieu de 1280x1024. Les vagues résultaient de l'incongruence des deux résolutions.
Il a donc fallu écrire un fichier xorg.conf, contenant notamment les lignes, pour forcer l'option 1280x1024 :
Section "Screen"
Identifier "Default Screen"
Device "ATI Technologies Inc RV280 [Radeon 9200 SE]"
Monitor "Écran générique"
DefaultDepth 24
SubSection "Display"
Modes "1280x1024"
EndSubSection
EndSection
Et désormais, la houle s'est apaisée sur mon écran.